Nel Sermone 322 per la Pasqua del 325, il Vescovo di Ippona, Sant’Agostino, riferendo sulla diffusione del culto del Martire Stefano menziona l’esistenza ad Ancona di un luogo sacro, memoria antiqua, in cui si venerava una reliquia del Santo.
È quindi possibile identificare i resti della basilica paleocristiana, rinvenuti nell’area sottostante l’attuale chiesa di Santa Maria, con la prima Cattedrale dedicata a Santo Stefano edificata fuori le mura urbane in luogo della Domus Ecclesiae, dove si riuniva l’originaria comunità cristiana di Ancona.
La basilica presentava il tipico impianto planimetrico a tre navate di diversa ampiezza separate da colonne in porfido rosso e lo spazio interno si estendeva fin sotto l’attuale piazza con una pavimentazione ricoperta da mosaici di tessere policrome, di cui oggi sono visibili alcune porzioni risalenti al IV secolo.
Di epoca successiva è il secondo strato pavimentale, realizzato con mosaici figurativi a carattere simbolico, che campeggiano sia nella navata centrale, nella zona antistante l’altare, che nella zona di fondo riservata ai catecumeni presso l’entrata. Il rinnovamento è conseguente all’assedio dei Goti, i quali arrecarono danni alla parte della città non compresa nella cinta fortificata e quindi anche alla basilica. In occasione del ripristino del VI secolo l’edificio venne dotato del nuovo pavimento musivo e di una seconda abside in corrispondenza della navata laterale destra, ove nel tempo si sovrapposero tre strati di affreschi, due dei quali sono ancora oggi visibili. Le ampie dimensioni, la ricchezza decorativa, la traccia del seggio vescovile e la presenza di epigrafi sepolcrali con il nome Stefanus, suffragano l’ipotesi che la chiesa sia la primitiva cattedrale di Santo Stefano. Nella stessa, inoltre, erano custodite le reliquie dei Santi protettori Marcellino, Ciriaco e Liberio. Dopo il graduale abbandono dell’edificio nel IX secolo, causato da eventi tellurici e da incursioni saracene, le reliquie vennero traslate nella basilica di San Lorenzo, attuale cattedrale di San Ciriaco. Tra l’XI e il XII secolo, sulle rovine della basilica paleocristiana venne edificata la chiesa romanica di Santa Maria, originariamente denominata del Canneto per la presenza di vegetazione palustre nelle sue vicinanze e successivamente detta del Mercato, poiché nella piazza antistante si teneva il mercato cittadino e a partire dal XIII secolo si svolgeva la cerimonia del giuramento del Podestà di fronte alle autorità civili e religiose.
Al fine di adeguare la facciata della chiesa all’importante ruolo sociale che doveva assolvere, fu chiamato il Maestro Filippo, il quale la ornò con una serie di decorazioni e arcatelle cieche che rendono la chiesa di Santa Maria uno degli edifici monumentali più significativi della città di Ancona.
